【第二季】利用微生物培养基的景观来预测新的有机体媒体配对

上述（A）的生态和（b）对物种进化之间的距离是作图品种对共享至少一个中等DSMZ每个生态系统发育或距离内仓的比例。气泡区域被缩放到在每个仓生物体对的数目。任何生态/进化距离共享一个实验室介质的随机生物体对的级分由水平蓝色线表示，以供参考。距离指的是由Greengenes数据库（生态）生态共同成长或子树距离的杰卡德指标决定。

除了精确匹配的媒体如刚才所描述的，我们测试这些协会是否也持有实验室介质之间部分匹配。我们考虑两种生物具有局部介质匹配，如果两种生物的**匹配介质的比较（或者从所有的列出媒体成分的工会形成的套）超过指定的相似性阈值。实际上，在一定范围的阈值，并与这些指标的所有组合，都保持媒体相似性和生态或系统发生关联之间的相关性。这些关联不仅表明生态或系统发生数据可以是在指导上已知的实验室媒体生物体的培养有帮助的，但是，重要的是，这些数据可以用于确定媒体可能子集开发新颖的培养基制剂时，以包括对于给定的生物体是可用。

通过预测新的传递生物体媒体配对

在逻辑和数学的基本属性是一个给定的关系R的潜力传递;也就是说，当R是传递的，那么（ARB和BRC）意味着（ARC）。为了更好地了解KOMODO微生物生长的已知模式，我们要求财产“媒体共享有机体”是传递的。为了验证这一点，我们搜索了涉及三个生物A，B和C，其中它被赋予A和B在一定介质（M1），B和C另一种介质上一起成长的共同成长生长介质模式科莫多数据（M2）和C长出了第三介质（M3上;参见图4A）。鉴于这种模式，并假设传递，我们预测，生物体将更有可能比随机选择的机体上立方米增长（详见方法）。出于这样1000的测试中，我们发现694正传递（即，记录生长）与实例只有11,000随机选择的生物体之间阳性病例。这一结果强烈表明媒体偏好确实传递（二项式P <1E-186）。

英文原文：

Figure 3: Media usage is correlated with ecological and phylogenetic similarity.

The (a) ecological and (b) phylogenetic distances between pairs of species are plotted versus the fraction of species pairs within each ecological or phylogenetic distance bin that share at least one DSMZ medium. Bubble areas are scaled to the number of organism pairs in each bin. The fraction of random organism pairs of any ecological/phylogenetic distance sharing a lab medium is shown by the horizontal blue line, for reference. Distances are determined by a Jaccard metric of ecological co-growth in Greengenes database (ecological) or by subtree distance (phylogenetic; Methods).